2打目以降のプレー中、手から離れたクラブが自分のボールに当たった。ちょうどクラブヘッドの部分がボールに当たったのでストロークの１打と処理して良いのでしょうか？また、シャフトの部分に当たった場合はどうでしょうか？

自分が自分のボールを動かしたことになりペナルティになります。クラブヘッドに当たる、シャフトに当るに関係なく２打を加算し、元にあったと思われる場所に戻さなければなりません。