コース内の真ん中に低い樹木があり、その樹木にボールが乗ってしまった。ボールをそのまま打った場合、ペナルティになるか？

動かせない障害物を挟んでストロークしてはならない、ストローク中でも動かせない障害物に触れてはならない、とありますので、この場合ペナルティーになります。アンプレヤブルの処置をしましょう。