ボールマーカーを取り除かないでストロークしたらペナルティとなっていますが、詳しく説明してください。

リプレースを正しく行わなかったためペナルティとなります。ボールマーカーを置くことにより、ボールの元あった位置を特定するとともに、プレー中のボールではなくなるので持ち上げる事を可能とするものです。
逆に手順は、ボールを正確に元あった位置に置きボールマーカーを外すとプレー中のボールになり、打つことを可能にすることを意味します。